Przyczyn niepłodności może być bardzo wiele. Leczenie metodą Naprotechnologii bazuje przede wszystkim na dogłębnym poznaniu problemów zdrowotnych od samych podstaw – w myśl przyczynowego leczenia niepłodności i schorzeń kobiecych i męskich. Dlatego tak istotny jest pierwszy, diagnostyczny krok – obserwacja kobiecego cyklu kompatybilną metodą – Modelem Creighton. Karta obserwacji cyklu staje się podstawowym narzędziem wstępnej diagnozy – jest jak swoista mapa ciała, będąca drogowskazem dalszej diagnostyki.

Podstawowy podział metod bardziej zaawansowanego leczenia wyróżnia przede wszystkim metody farmakologiczne i zabiegowe:

• farmakologiczne: dopasowane środki lecznicze i hormonalne wspomagające zdrowie i płodność, w odpowiednio dobranej, jak najmniejszej terapeutycznej (skutecznej) dawce, dostosowane do sytuacji zdrowotnej każdej kobiety/mężczyzny,
• zabiegowe: badanie drożności jajowodów (HSG), endoskopowe badanie jamy macicy (histeroskopia), laparoskopia, laparotomia i inne.

Mając na uwadze pracę ciała, jako całości, nierzadko leczenie w naprotechnologii obejmuje kontakty interdyscyplinarne innych dziedzin medycyny, jak dietetyka, fizjoterapia czy psychoterapia.